对于引起扁桃体发炎的原因，如果是急性扁桃体炎，乙型溶血性链球菌感染为本病的主要致病菌，非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎链球菌、鼻病毒、腺病毒等病毒感染，也可以引起本病，细菌和病毒的混合感染也不少见，近年来还有研究发现，厌氧菌以及革兰氏阴性菌感染有上升的趋势。正常人的咽部以及扁桃体隐窝都存有某种病原体，机体免疫力正常时，这些病原体不会对机体造成影响，但是当人体免疫力降低时，病原体可以大量繁殖，毒素破坏扁桃体隐窝的上皮，细菌侵入扁桃体实质而发生炎症，常见的诱因有受凉、在潮湿的环境中生活、过度劳累、烟酒过度、有害气体的刺激、上呼吸道有慢性病灶等。急性扁桃体炎的病原体可以通过飞沫或者直接接触而传染，通常为散发性，很少在群体中暴发流行。对于慢性扁桃体炎患者，链球菌和葡萄球菌是本病的主要致病菌。
反复发作的急性扁桃体炎使隐窝上皮坏死，细菌炎性渗出物聚集在隐窝当中，隐窝引流不畅后导致本病发生、发展，同时也可继发于猩红热、白喉、流感、鼻腔以及鼻窦的感染之后，慢性扁桃体炎的发病机制尚不明确，部分研究表明，可能与自身变态反应有关。
反复发作的急性扁桃体炎使隐窝上皮坏死，细菌炎性渗出物聚集在隐窝当中，隐窝引流不畅后导致本病发生、发展，同时也可继发于猩红热、白喉、流感、鼻腔以及鼻窦的感染之后，慢性扁桃体炎的发病机制尚不明确，部分研究表明，可能与自身变态反应有关。