对于引起扁桃体发炎的原因，如果是急性扁桃体炎，主要的致病菌是乙型溶血性链球菌、非溶血性链球菌、葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌或者是腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒，细菌和病毒的混合感染较常见。近年还有研究表明，厌氧菌感染以及革兰阴性杆菌感染有上升的趋势。在正常人咽部和扁桃体隐窝内存留某些病原体。正常机体的免疫力不会使该病发生，但是当人的抵抗力降低，病原体大量繁殖，毒素破坏隐窝上皮，细菌侵及实质而发生炎症，其中受凉、潮湿、过度劳累、烟酒过度、有害气体的刺激、上呼吸道有慢性病均可诱发本病。急性扁桃体的病原体可以通过飞沫或者直接接触传播，通常呈散发性，偶在群体中暴发流行。
慢性扁桃体炎最常见的致病菌是链球菌和葡萄球菌，反复发作的急性扁桃体炎，隐窝上皮坏死细菌与炎性渗出物聚集在隐窝内，隐窝引流不畅，从而导致本病的发生、发展。慢性扁桃体炎也可继发于猩红热、白喉、流感、麻疹、鼻腔及鼻窦的感染，发病机制尚不明确，有研究表明与自身变态反应有关。
慢性扁桃体炎最常见的致病菌是链球菌和葡萄球菌，反复发作的急性扁桃体炎，隐窝上皮坏死细菌与炎性渗出物聚集在隐窝内，隐窝引流不畅，从而导致本病的发生、发展。慢性扁桃体炎也可继发于猩红热、白喉、流感、麻疹、鼻腔及鼻窦的感染，发病机制尚不明确，有研究表明与自身变态反应有关。