肛门闭锁手术之后的康复训练，是比较繁重的工作，尤其需要家长的配合和重视。如低位肛门闭锁是特别轻的一种，许多患儿接受好的手术之后，是否能够达到理想的排便功能，还需要术后的康复训练，其中肛门括约肌的恢复训练也很重要。但在临床上让患儿很好的训练缩肛比较困难，因为患儿比较小不是太配合。比较理想的是在寓教于乐中间，让患儿进行缩肛的功能锻炼。
目前有各种各样的训练方法，比如采取游戏机的方法让患儿玩游戏机，同时电击刺激放到直肠内，使其在玩游戏期间达到对肛门肌的刺激，来帮助恢复肛门功能。部分家长提供了一些办法，如在北方进行滑雪会有帮助。但其实并没有比较好的统一方法，还需要根据患儿的特点，采取针对性的措施。另外，可以在医院咨询有经验的肛肠外科医生来一起配合，完成对肛门肌肉的训练工作。