儿童尿道下裂原因复杂，当今医学界尚未了解完整的导致疾病发生的过程。原因可能如下：
1、在阴茎发育过程中，出现发育停滞导致尿道下裂，包括尿道下裂的包皮帽状堆积、尿道开口异常，以及严重的阴茎下弯；
2、现在研究发现胎儿时期的内分泌改变，导致某个时期阴茎发育停滞，导致患者出生后尿道下裂。如试管婴儿尿道下裂发生率高，因为母亲孕期用黄体酮保胎。有些高龄孕妇机体功能衰退、内分泌紊乱，可能导致孩子尿道下裂概率相对较高。
尿道下裂主要特征为尿道开口异常、阴茎下弯以及包皮帽状堆积，外观不良，患者手术最佳年龄为6-18个月。