颅内血肿清除术的步骤，首先经过CT或者核磁共振，根据神经影像学检查判断血肿大致位置，设计合理的手术切口。比如对于基底节区的颅内血肿，常规采取颞叶的马蹄形切口，将头皮切开之后通常翻向颞下，用电动开颅钻或者气动开颅钻进行颅骨打孔。之后用专用铣刀装置进行颅骨切开，可以将颅骨骨瓣取下进行硬脑膜切开。切开后就显露脑组织，根据术前神经影像学定位，采取离血肿最近部位的皮层进行切开，要注意尽可能避开重要功能区的皮层，从非重要功能区临近血肿较近的位置切开皮层，逐渐显露血肿，在显微镜下将血肿逐渐吸除，在彻底清除血肿之后，必要时还需要留置血肿残腔的引流管。
其次，根据颅内压情况，决定是进行硬脑膜缝合、颅骨骨瓣复位固定，还是需要弃去骨瓣进行去骨瓣减压。如果术前患者已经发生脑疝，血肿清除之后，颅内压仍偏高，可以考虑颅骨去骨瓣减压 。而如果血肿清除较满意，或者术前无脑疝，清除血肿后，颅内压降低较明显，可以进行颅骨骨瓣复位，用小钛钉、钛板将颅骨骨瓣复位到原来的骨窗部位，恢复起来会比较好，也能有效避免将来二次手术进行颅骨修补。