骨结核早期多局限于骨、滑膜或关节骨质，对关节功能无明显影响。当疾病进展，分枝杆菌破坏关节骨质、滑膜，导致关节软骨脱落以及关节间隙明显变窄，关节功能缺失。如骨结核侵犯脊柱，可导致相应椎体骨质破坏、椎旁脓肿形成，脊髓受压或脊髓侵犯，严重者可导致截瘫。
由于颈椎结核影响最大，部分患者因椎体骨质破坏严重，突发椎体错位导致突然死亡。分枝杆菌侵犯肺组织时可出现肺部浸润阴影，未及时治疗，肺部病变可明显加重，导致肺功能严重受损，晚期可出现呼吸衰竭。骨结核原发部位多来自于肺，骨结核与肺结核早期治疗均可获得较好效果，但不及时治疗，均可导致较严重后果 ，严重程度与疾病发病时期息息相关。
骨与关节结核的病理变化与其它部位结核相似，结核分枝杆菌在机体内引起的病变类型具有特异性，病理改变取决于机体免疫状态、变态反应强度、局部组织特性和病毒独立大小，但又存在自身特点。骨结核是常见肺外结核，原发病灶绝大多数来源于肺，骨结核分为三种类型，即骨结核、滑膜结核和关节结核。