尿道下裂手术后恢复时间与程度轻重有关，如果程度轻，不需要做尿道，只需矫正尿道口外观，通常1-2周即可恢复。如果要重建尿道，与尿道类型有关，如果用自然尿道板，通常2周左右尿管拔掉后即可恢复。部分患者需要用皮肤，或者用口腔黏膜代尿道，尿管放置时间较长，且恢复时间比较长，通常需要1个月甚至更长时间。
此外，部分患者出现尿道狭窄时，留管时间更长，则恢复时间也比较长，具体时间与病情程度以及个体差异有关。部分患者虽病情重，但恢复好、时间短。而部分患者程度非常重，甚至出生时为女性尿道形态，经过检查明确为男性，手术次数较多，时间跨度较大，可能需要2-3年甚至更长时间，通过手术把外形彻底矫正为男性。