确诊口腔念珠菌感染最准确的方法为进行唾液的念珠菌培养，口腔念珠菌感染需确诊后，才会进行针对性治疗。其治疗如下所示：
1、杀死念珠菌：可常规给予抵抗念珠菌感染药物治疗。若效果不佳，可进行药物敏感试验，选择敏感的药物进行念珠菌感染治疗；
2、抑制念珠菌：念珠菌的感染存在条件，即在适合的条件下真菌会生长。如嘴里戴假牙较易出现念珠菌感染，而真菌在酸性的条件下易生长，若使用小苏打漱口，口腔里的条件变成弱碱性，真菌则不易生长。
所以在治疗中，在杀死念珠菌的同时还需改变口腔环境，使真菌在此种条件下不易生长和复制，两者结合一般可达到治疗口腔念珠菌感染的效果。