并非所有肝内胆管结石均需手术治疗，大部分无需手术处理，除非引起反复胆道梗阻、胆道感染，才需进行手术，若不手术则胆道梗阻不能解除，胆汁流不出，会形成结石。此外，反复感染会引起发热，甚至引起全身感染。胆管结石由于炎症反复刺激而导致肝内胆管癌变，如胆管细胞型肝癌，也建议积极手术治疗。如果仅发现肝内胆管单发结石，通常无需处理，也很难处理。
以前均为开放性手术切肝，现在随着外科技术的提高，通过微创手术打几个洞即可解决。但在有手术适应证的情况下，手术还是存在一定难度。肝内胆管结石手术要比其它手术，甚至比部分肿瘤手术还要困难，因为肝叶萎缩之后都有转位等解剖的变异，故需找大中心有经验的医生做。