实际上胃肠道间质瘤和胃癌是两种完全不同的肿瘤，胃的恶性肿瘤，胃癌占到90%以上，胃肠道间质瘤仅占胃恶性肿瘤中的5%左右。胃肠道间质瘤可以发生在胃肠道的任何一个部位，主要是在胃和小肠。胃肠道间质瘤和胃癌的主要区别如下：
1、组织来源不同：胃癌主要是来自于胃黏膜的上皮细胞，恶性程度也非常高。胃肠道间质瘤主要是来自于胃黏膜下的间叶组织，主要是发生于卡哈尔氏间质细胞的一个基因突变之后才导致的，恶性程度相对较胃癌要低一些；
2、临床表现不同：胃癌的临床表现为腹痛、消化道出血，而且进展非常快，患者常常会有消瘦、恶心、呕吐，甚至黑便这些状态。胃肠道间质瘤早期通常没有特别的症状，大多数是通过体检或者是其他的疾病检查时，发现的胃肠肿瘤；
3、治疗方式不同：胃癌实际上是以根治性手术，包括围手术期的化疗为主。而胃肠道 间质瘤对化疗和放疗都不敏感，手术和靶向药物治疗却是主要的治疗方式；
4、预后不同：相比较中晚期胃癌来讲，胃肠道间质瘤预后要好很多，5年生存率也比胃癌要高，尤其是最近20多年来靶向药物的出现，实际上极大提高胃肠道间质瘤，尤其是中高危患者的生存率和生活质量，而且对于比较晚期的胃肠道间质瘤，也实现了一个比较长期的带瘤生存。