颌骨囊肿是否严重需根据囊肿类型、大小、累及多少牙齿，是否邻近重要器官和组织结构而定。只要囊肿不是特别大就不算特别严重，但是只要发现了就要尽早治疗。
平时常见的囊肿大多范围较小，波及1-2个牙齿，早期没有症状，大到一定程度可使骨壁变薄，触诊时有乒乓球样的弹性感，表面骨质消失。囊肿位于软组织下，触诊有波动感，则症状轻微。囊肿发展过大，骨质损坏过多时，在下颌骨可能引起病理性骨折；囊肿位于上颌骨，可侵入鼻腔及上颌窦，将眶下缘上推，使眼球受到压迫，影响视力，甚至产生复视；如邻近牙受压，可使牙发生移位、松动、倾斜；有时囊肿因为感染破溃或切开引流， 可在相应的口腔黏膜上留下瘘管，这样比较严重；角化囊肿还有一定的复发性和癌变能力。