鳃裂瘘管发生感染后，应及时进行手术治疗，无论处于何种年龄，均可进行手术治疗。鳃裂瘘管属于遗传性疾病，由于患者在胚胎期，鼻鳃裂、腮弓发育异常，引起内胚层、中胚层及外胚层畸形，造成鳃裂瘘管。鳃裂瘘管的患者可以在皮肤上观察到管口，在下咽腔、外耳道以及扁桃体上窝也可能存在内瘘口。当鳃裂瘘管发生上皮脱落时，会伴有细菌存留而造成感染，引起局部皮肤红、肿以及脓性分泌物从瘘管管口漏出，导致患者出现剧烈疼痛。
此时患者应采取抗炎治疗，若炎症控制不佳而形成脓肿，可以采取切开引流的方法，当炎症消退后才可进行手术治疗。感染是手术治疗的指征，一旦鳃裂瘘管出现感染，则会反复发生感染，所以建议患者在炎症消退后，及时进行手术治疗。