流脑又称流行性脑脊髓膜炎，乙脑又称乙型脑炎，二者主要的鉴别特点如下：
1、病原不同：流脑是由于脑膜炎奈瑟菌引起的细菌化脓性脑炎，而乙脑是由于乙型脑炎病毒感染的病毒性脑炎。通过脑脊液的检查，可以明确发现病原不同，所以治疗的方向也不同，乙脑是以抗病毒为主，而流脑以抗细菌为主；
2、传染途径不同：流脑有一定的传染性，通常会群体发病，即在一个地区或生活的社区附近会有多人发病。而乙脑是虫媒性脑炎，一般不具有人传人的特点，通常以虫媒传播，在夏季容易发病；
3、检查特点不同：流脑主要引起脑脓肿以及脑膜的肥厚和强化，脑脊液呈现出米汤样化脓的表现。而乙脑主要累及脑部的深部核团，丘脑会出现对称性病灶，而脑脊液没有明显的浑浊，蛋白水平以及细胞数量并不高。