真菌性甲癣通常指甲癣、甲真菌病，因为甲癣是由一组真菌感染引起，主要是皮肤癣菌。甲真菌病的真菌更为宽泛，包括皮肤癣菌、霉菌、酵母菌等，但临床最多见为甲癣。具体属于何种真菌感染，需要做培养试验，甚至做药敏试验，进一步选择更好的药物。
首先口服药物，因为外用药较难到达指甲真菌感染的深部。口服药物的作用机理是药物通过机体到达甲板、甲床、皮肤等位置，可以将真菌杀灭。新长出指甲不再被真菌感染，从而达到甲癣或甲真菌病的治疗目的。
现在主要的口服药包括特比萘芬，即丙烯胺类药物，还有唑类的伊曲康唑。外用药对于不能服药患者而言可以使用，包括阿莫罗芬或环吡酮胺等。但外用药的作用与口服药相比较差，一般不能口服药物或甲癣浅表、较轻、位于前端的患者，可以选择外用药进行治疗。