躯体化障碍的发病原因尚不明确。目前研究结果显示，躯体形式障碍的病因是多因素的，包括社会因素、生物学因素等，具体如下：
1、心理社会因素：幼时受到父母过多照顾，儿童期患病经历、创伤、长期与慢性疾病患者共同生活中存在的现实冲突等，均可能为易患因素。继发性获益可能是另一个重要因素，因为这类躯体疾病可在潜意识中为患者变相地发泄，缓解情绪冲突，也可因病回避社会责任，并获得更多的关心、保护与照顾。部分患者的起病属医源性，躯体症状在不同的社会文化中可以有多重性象征意义，并具备某些社会功能。由于环境、人口、医疗设备的限制，患者在繁忙拥挤的医疗 机构中常隐藏情绪症状，以直接、易被接受的躯体症状为主诉；
2、生物学因素：躯体形式障碍可有家族聚集的现象，约20%的躯体化障碍的患者女性一级亲属中也符合躯体化障碍的诊断。躯体形式障碍的家族聚集性可以受到遗传、环境因素或两者共同的影响。有研究认为，躯体形式障碍的患者可能存在脑干网络结构滤过功能的失调，脑干网状结构维持意识状态，保持正常的注意和唤醒功能，过滤不必要的信息。当滤过功能失调后，过去不被患者感知的内脏器官活动被感知，致使注意力由外转向身体内部，情绪焦虑、紧张时，体内各种生理变化加剧，如神经内分泌、血液生化等改变，不断上传被感受，可能被患者感知为躯体不适与症状。