骨结核的治疗应当以有效抗结核药物治疗为基础，然后掌握好手术适应症，选择合理手术治疗方式，结合营养支持治疗以期治愈病灶，达到保存骨及关节功能、减少并发症、降低复发率的目的。抗结核药物的治疗原则包括早期、规律、全程、适量和联合用药，分为强化和巩固两个阶段。局部治疗包括制动、脓肿引流、局部注射抗结核药物，在抗结核药物治疗基础上，如果效果欠佳可考虑外科手术治疗。
病灶清除术能够清除干酪样物质、死骨、脓液等影响病灶愈合的组织，清除病灶后植骨能够促进局部修复，提高病灶药物浓度，缩短药物治疗疗程，提高治愈率。此外，营养支持治疗也较为重要，饮食应以高热量、高蛋白、易消化为主，注意补充足够的维生素和矿物质。如果患者的全身情况极差，需要补充氨基酸、脂肪乳等，必要时通过输血、输白蛋白、输血浆等予以纠正。