黏液表皮样癌是唾液腺恶性肿瘤中常见的类型，主要治疗方式是手术切除，需要做根治性手术切除，使病人获得治愈的机会。如果在术前的病理切片中，确认黏液表皮样癌是高分化类型，手术中应该尽量保留面神经，分离之后的面神经可以做术中液氮冷冻或者术后放射治疗。如果手术比较彻底，不需要术后放疗，也不用做颈部淋巴结的清扫手术。如果确认有颈部淋巴结的转移，可以做选择性的颈部淋巴结清扫手术。
如果是低分化的黏液表皮样癌，手术之后可以加术后放疗，也可以选择性进行颈部淋巴结的清扫，有的病人需要做术后辅助化疗，清除血中的残留病灶。所以黏液表皮样癌的病理分级，决定其治疗方式。