非淋菌性尿道炎，目前主要治疗用药是抗菌素。非淋菌性尿道炎的病原微生物并不是普通细菌，而是特殊类型的病原微生物，常见为支原体和衣原体，因此在抗菌素选择中，主要选择针对支原体和衣原体的抗菌素。临床推荐的应用药物是左氧氟沙星、多西环素以及阿奇霉素，通常需要足剂量、足疗程应用。
非淋菌性尿道炎有一定性传播风险，因此在生活中除要求患者多饮水、注意休息、避免劳累、暂停性生活、处理好随身衣物以外，重要的是与性伴侣同时进行治疗，从而达到治愈的目的。对于非淋菌性尿道炎的药物治疗，如果药物选择有效则可以达到治愈。治愈的临床标准是临床症状缓解，尿道无任何脓性分泌物存在，尿液检查时不存在白细胞，以及进行尿液病原微生物检测结果为阴性。