如果检查时发现黄体功能不全，这时可以补充孕激素。黄体功能不全，通常由于月经后半期伴有月经周期缩短、容易出现流产，尤其是生化妊娠或胎停育，通常与黄体功能不全有关。大部分黄体功能不全的患者，通过内分泌治疗以后可以得到明显改善。
如果黄体功能不全，服用短期孕激素效果不佳，可以长期服药，例如黄体酮胶丸、地屈孕酮片等，相对属于天然孕激素，甚至属于保胎药，对孩子没有致畸作用，可以长期在月经后半期进行补充。最明确的检查方法，是在月经后半期时检查孕激素，或进行超声检查卵巢，可以明确卵巢的黄体萎缩状况。如果出现黄体功能不全，需要补充黄体酮，补充孕激素后可以使卵巢功能逐渐恢复。