先天性隐性脊柱裂患者如果出现腰疼，首先应该明腰疼的原因。如果腰疼有这些特点，如在向前屈时腰疼加重，或者在腰间抱一个小朋友，或者持物时疼痛加重，或者在盘腿坐时疼痛有明显加重，常提示隐性脊柱裂的患者有可能合并脊髓栓系。这时应该尽早的到医院进行腰骶椎的磁共振检查，如果确为脊髓栓系所引起的腰痛，则应该在神经外科接受微创手术治疗，解除脊髓栓系，腰痛的症状有望获得治愈。
先天性脊柱裂患者的腰痛，还有其它很多的原因，比如椎间盘突出、椎管狭窄、腰肌劳损等，这些情况通过磁共振检查也能够明确诊断，然后根据病情决定是进行药物保守治疗或手术治疗。还有一些先天性脊柱裂的患者所描述的腰痛，其实并不是真正的腰痛，而是骶尾部的疼痛，这类病变常由骶管囊肿引起。先天性脊柱裂的患者，骶管囊肿的发生率也略有增高。
因此对于先天性 脊柱裂的患者出现腰痛时，应该及时到神经外科就诊，由神经外科医生帮助分析是由于脊髓栓系造成，还是椎间盘突出、腰椎管狭窄、腰肌劳损，或者骶管囊肿等病因素造成，再根据引起腰痛的具体原因，确定合理的治疗方案。