卵巢囊肿多数情况做完手术可以好，但由于部分囊肿容易复发，因此即使术后恢复也应定期进行复查，如恶性肿瘤，或巧克力囊肿，则依旧需要通过后续用药，来防止复发。卵巢囊肿分为多种，多数卵巢囊肿做完手术后算彻底治愈，但部分卵巢肿物，如卵巢巧克力囊肿复发率高，如果术后不用药可能复发率2年即可达到40%左右，因此巧克力囊肿患者术后依旧需要常规用药，如GnRH-a至少需用药6个月，之后如果不准备生育，可以继续服用短效口服避孕药，或高效孕激素来预防复发。
对于卵巢恶性肿瘤，多数情况下术后需要继续化疗6-8个疗程，避免复发。对于期别比较晚的患者，化疗后还需 要通过服用靶向药物维持治疗，以避免复发。另外，即使不是恶性肿瘤、巧克力囊肿，其他的畸胎瘤，或卵巢的交界性肿瘤同样容易在术后数年，甚至几十年后复发，因此建议患者应每年定期进行年度体检。