细菌性角膜溃疡的治疗方法主要有以下几种：
1、药物：主要是抗生素眼药水，可进行角膜溃疡的细菌培养及药敏试验，包括结膜囊的药敏加病原体的确诊实验，即可找到敏感菌，同时找到对其敏感的药物。抗生素滴眼及全身静脉滴注抗生素的同时，配合促进角膜上皮愈合的药物，如碱性成纤维细胞生长因子和表皮成纤维细胞生长因子等药物，促进角膜上皮愈合，降低角膜溃疡炎症反应；
2、手术：当药物无法控制，甚至溃疡即将穿孔时，可进行治疗性板层角膜移植术。但细菌性溃疡一旦穿孔，可能进行穿透性移植时会引起眼内出现感染，此时一旦进行穿透性角膜移植，应在眼球内注射抗菌素药物，预防眼内炎形成。