甲状腺腺瘤主要是进行手术治疗。由于甲状腺腺瘤有20%的机会可以引起甲亢症状，有10%的机会可以出现恶变可能，所以，临床上发现甲状腺腺瘤，并且在甲状腺超声检查之后，初步确认为甲状腺腺瘤，应该早期进行包括腺瘤在内的患侧甲状腺大部分切除。
如果甲状腺腺瘤比较小，也可以进行患侧甲状腺的部分切除，切除标本应该立即送病理科做冰冻切片检查，早期判断有没有恶变发生。如果甲状腺腺瘤在冰冻病理检查之后没有发现恶变的情况，只需要定期复查即可。如果冰冻切片汇报有恶变，需要按照甲状腺癌进行手术，可以做患侧甲状腺连同甲状腺颊部的全部切除，对侧甲状腺大部分切除。如果有颈部淋巴结转移，还可以做颈部淋巴结的清扫手术。