当急性中耳炎迁延不愈超过6周，病变侵犯了中耳黏膜、鼓膜，甚至骨质，造成不可逆病变的时候，称为慢性化脓性中耳炎。慢性化脓性中耳炎的治疗原则主要是清除病灶、通畅引流，恢复或重建听力，具体治疗根据病人的情况而定。如果病人有鼓膜穿孔，伴有很多脓性分泌物，此时需要先用过氧化氢溶液清洗，配合耳朵里边滴氧氟沙星滴耳液，再加上全身口服抗生素来治疗。如果炎症控制以后，鼓膜穿孔愈合，病灶清除掉，此时治疗完毕。
但有些慢性化脓性中耳炎迁延不愈，残留鼓膜穿孔或鼓室内有肉芽，甚至出现了其他并发症，此时需要手术治疗，手术需要清除病灶，修补鼓膜，重建听力。