腘窝囊肿不会自愈，需要进行相关治疗才能痊愈。
腘窝囊肿指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后膨出的统称，严重时引起膝后部疼痛和发胀，并可触及有弹性的软组织肿块。腘窝囊肿一旦发现，只会逐渐增大，而且随着体积的增大，会对周围的软组织、神经及血管逐渐产生压迫，导致小腿的肿胀和疼痛，甚至影响到小腿的感觉和运动。这种情况下，需要进行手术切除，把腘窝囊肿的囊壁及其内部的胶冻样物质完全剥离出来，再进行皮下及皮肤的缝合。经过恰当治疗，腘窝囊肿可基本治愈，一般不会留有后遗症，同时复发率也较低。
患者出现腘窝囊肿后，应及时到医院的骨科就诊、治疗，术后患肢需要制动，如石膏固定2周，可有效预防复发。