骶骨囊肿的治疗方法一般包括保守治疗和手术治疗两种方式。对于症状较轻的患者一般采取保守治疗的措施，局部可以给予对症的双氯芬酸二乙胺乳胶剂涂抹以减轻局部的疼痛，也可以局部涂抹红花油或正骨水等，以改善局部的血液循环，从而减轻疼痛的症状，
对于疼痛明显者可以口服非甾体类的消炎药，如醋氯芬酸、双氯芬酸或者塞来昔布等，其中塞来昔布对胃肠道的刺激最小，而对于症状比较严重者，骶骨囊肿较大对局部的压迫较重或者是产生了神经等症状，或者是短期内骶骨囊肿突然增大，需要及时采取手术治疗的方式，手术的方式一般包括骶骨囊肿的病灶刮除局部植骨术。