子宫畸形的发生一般是在胚胎期的过程当中受到了遗传的因素或者是环境的因素干扰而导致的。
遗传因素多半是由于染色体，性染色体的异常，包括它数目的异常和结构的异常。很常见的一个遗传的因素就是性染色体，正常女性是46XX，有两条X染色体，有一部分的女性只有45X，就丢失了一条女性的性染色体—X染色体。丢失了这条染色体之后，就会导致她的生殖器官发育出现异常，会出现先天性的无子宫或者是幼稚子宫，甚至是双子宫、双阴道这样一些子宫畸形的一些表现。
环境因素主要是一些药物，就是激素类的，性激素类药物的一些使用。在母亲的怀孕期间，胚胎生殖器官发育的过程当中，如果接受到这些性激素的影响，可能会导致生殖器官发育畸形，子宫出现发育畸形的一个情况。