含牙囊肿手术后遗症包括牙齿感染、牙齿变色、牙龈退缩、牙周炎、下唇麻木等。建议患者选择正规的医院进行含牙囊肿手术，以降低术后后遗症的发生概率。
1、牙齿感染：含牙囊肿手术后，如果患者没有针对性使用预防感染的药物，或者不注意口腔卫生等，便有可能出现牙齿感染的情况。
2、牙齿变色：含牙囊肿手术后患者如果不注意口腔卫生，可能会引起龋齿，此时会出现牙齿变色的情况。
3、牙龈退缩：含牙囊肿手术有可能去骨，囊肿摘除之后可能会存在骨缺损的情况，所以可能会出现牙龈退缩的情况。
4、牙周炎：含牙囊肿手术后，如果患者不注意口腔卫生，可能会导致食物残渣残留在口腔中，在细菌的分解下会刺激牙周，从而诱发牙周炎。
5、下唇麻木：当含牙囊肿靠近下牙槽神经或者已经侵犯了下牙槽神经时，在手术后便有可能引起下唇麻木的后遗症。
若手术时可能伤害到下齿槽骨的神经，或是囊肿已经位于齿槽骨区域，此时为避免对神经造成不必要的伤害，医生会采用袋形术，也就是不清理囊壁，以减少对神经的影响。