非结核分枝杆菌是一大类分枝杆菌，包括脓肿分枝杆菌、鸟分枝杆菌等。非结核分枝杆菌病治疗原则为联合、足量、全程，不同类型的菌种用药不同：
1、药物治疗：患者肺部感染时需周期性用药，可以帮助控制症状和病情进程，用药的方案包括一种大环内酯类联合一种或多种经静脉药物如阿米卡星，头孢西汀，或亚胺培南或多种非胃肠道药物，连用数月，如红霉素或阿奇霉素或克拉霉素，合用环丙沙星治疗。如患者有空洞、纤维结节性疾病或严重的全身性感染，需进行强化治疗，可考虑克拉霉素或阿米卡星、利福布汀或利福平、乙胺丁醇。
2、手术治疗：外科切除可作为非结核分枝杆菌病感染的辅助治疗，适用于内科治疗无效，及复发性与顽固性咯血的患者。非结核分枝杆菌病淋巴结炎时，应尽可能的做整个淋巴结肿块切除，如已形成瘘道和皮肤病变时，应将皮肤病变区一并切除。非结核分枝杆菌病，皮肤软组织感染时，进行药物治疗，同时对皮肤病变组织，进行广泛手术切除。非结核分枝杆菌病，应用药物治疗效果欠佳，大量排菌1年以上，肺部空洞等病变局限者，也可手术切除。