扁桃体结石的根本原因是慢性扁桃体炎，所以根治扁桃体结石需要根治慢性扁桃体炎。慢性扁桃体炎可以根治，其多由急性扁桃体炎迁延而来，慢性炎症导致扁桃体隐窝有炎性渗出，外加食物残渣在扁桃体隐窝形成结石，不定时排出而导致咽部炎症加重，出现口臭等。
具体治疗需要根据病情决定，先建议保守治疗，平时用漱口水漱口，保持口腔卫生，不建议频繁的掏结石，以免刺激扁桃体，避免越刺激越重。如果保守治疗无效，需要考虑积极手术治疗进行根治。目前手术常采用的方法包括剥离法、电刀囊内扁桃体切除、低温等离子切除术等，其各有优缺点。切除扁桃体也就根治慢性扁桃体炎，扁桃体结石问题也就可以解决。