黄体囊肿大部分随着月经来潮可以自行吸收消失。这与黄体的形成有关，黄体指的是排卵以后卵泡内的卵泡液流出，卵子周围的颗粒细胞内陷，就会形成黄体，如果黄体内的血管破裂，黄体内充满液体，便形成了黄体囊肿，所以说黄体囊肿是女性排卵后出现了一种生理性的囊肿。
随着黄体期的结束，孕激素下降，子宫内膜剥脱、出血，黄体囊肿会萎缩、吸收、消失，但也有少数情况下在月经来潮后黄体囊肿还仍然持续存在，如果是这种情况，可以在医生的指导下口服短效避孕药，一般服药2-3个周期囊肿会自行吸收消失。
如果是怀孕以后的黄体囊肿，一般要在孕3个月以后逐渐消失，这是因为孕3个月以后，体内生成的孕激素，主要由胎盘来分泌，所以黄体囊肿会萎缩消失。