胃肠道间质瘤手术后危险系数低的可以活5年以上，胃肠道间质瘤在进行手术前需要进行术前评估，判断病情是否危险。病情十分危险的患者不建议进行手术，这类患者的生存时间不超过一年。部分患者的病情恶化程度比较低，这类患者可以选择手术治疗，术后存活的年限与患者肿瘤切除的大小有直接关系。
部分患者是完全切除肿瘤的，这样的患者5年生存率可以达到50%-60%，但有部分患者会有少量的肿瘤残余，这样就会影响到术后的生存年限，5年生存率在35%左右。在做了手术治疗后还应当对患者肿瘤的核分裂进行检查，当核分裂超过5个的时候患者的生存率就比较低。