肝门部胆管癌是一种治疗难度较大的癌症，其发展到晚期，一般会造成极差的预后，即病人会在晚期时发生死亡。肝门部胆管癌发生到晚期，会并发身体其他器官的功能衰竭，包括肝功能衰竭、肾功能衰竭，甚至心功能和呼吸系统功能的衰竭。由于多器官功能的衰竭，病人逐步走向死亡。另外，死亡的原因，可能是肝门部胆管癌发展到晚期之后造成的黄疸，即胆管堵塞又合并细菌感染，病人会发生剧烈的腹痛，还有寒战、高热等炎症，或者是细菌入侵的表现。细菌进入病人的血液之后，可以并发严重的脓毒症，从而造成感染性休克，导致病人直接死亡。因此对于肝门部胆管癌而言，一般发展到晚期，除多器官功能衰竭之外，还容易造成细菌感染引起的死亡。
对于肝门部胆管癌病人的晚期情况，应该对病人做好良好的引流工作，无论放支架，还是穿刺引流，都可以尽量减少黄疸 的发生，使肝功能衰竭进一步延缓，提高生存期。除此之外，也可以对此类病人进行身体的支持治疗，即补充营养，还可以通过现在最新的基因检测手段，寻找有效的靶向治疗药物和免疫治疗药物，尽量控制肿瘤的发展，延长病人的生存时间，改善病人的预后，给予晚期的肝门部胆管癌病人更好的生存质量。