两性畸形术前先需进行性别分配，根据两性畸形的综合评估得到最终结果，将患儿分配为男孩子或女孩子。性别分配宜早不宜迟，越早越好，只要检查结果进行完善，在有条件进行性别分配时，因尽早进行分配，然后做相应男性化手术或是女性化手术。 通常患儿出生后6个月就可以逐渐开始进行两性畸形手术，6-18个月属于较合理的手术时间，最迟不要超过上幼儿园。在入幼儿园前就要把性别分配完毕，并且进行两性畸形的手术。当然若患儿存在男性化手术条件，也存在女性化手术条件，且无明显性心理倾向时，患儿难以进行性别分配，可以等待至青春期前再最终进行性别分配。然后按照性别分配做相应手术，选择男性化手术或者女性化手术。

两性畸形手术后能否生育无法一概而论。两性畸形往往除外观异常外，可能有染色体、性腺或外生殖器异常。性别分男和女，当染色体、性腺和外生殖器相符合，或最终通过手术相符合时，患儿才会有生育功能。例如男孩子染色体为46XY，有睾丸、阴茎外观，以后才能谈生育问题。女孩染色体为46XX，有子宫和卵巢，且有女性外观阴道后，才能有生育功能。 当然除了染色体、性腺和生殖器相符后，还需要其它附属器官的功能正常。例如男孩睾丸需要良好的生精功能，可以产生精子，并且精子要通过输尿管排出体外，输精管功能良好，才能有正常的射精，并且最终有生育功能。女孩同样需有良好的卵巢功能可以排卵，并且有发育相对较好的子宫，后期可以受孕，也是最终能生育的基本条件。当然可能患儿在未来通过生殖技术发展，也可弥补结构上的畸形造成的不良因素。虽然结构上异常，也可能通过生殖技术发展有生育潜力。

男孩隐睾绝大部分为先天性，隐睾也是较常见男孩的先天畸形，发生率较高。在足月新生儿中发生概率为1%-4%；而早产儿隐睾发生概率更高，可高达45%。隐睾随着年龄增大，1岁前可能下降至正常阴囊位置，到1岁左右发生率在1%左右。有少数隐睾由后天造成，可能属于医源性隐睾，如患儿之前做腹股沟斜疝手术或鞘膜积液手术。手术后因瘢痕原因，也可能使得睾丸向上缩，上缩后睾丸不再位于阴囊内，即称之为医源性隐睾。 此外，后天睾丸自然上缩，出生时或者儿童成长过程中，最初几年家长会发现患儿睾丸在阴囊内可以触及。随着年龄增长，患儿可能体型较胖，而在大龄儿童中，突然发现睾丸已经无法在阴囊内触及，即后天睾丸上缩。